Muhammed Ebû Zehre'nin önemli çalışmalarından biri de, el-Mu'cizetü'l-Kübrâ: el-Kur'an (Nüzülühû-Kitâbetühû-Cem'uhû-İ'câ-zühû-Cedelühû-Ulûmühû-Tefsî-ruhû-Hükmü'l-Ğınâi Bihî) adlı eserdir. İsminden de anlaşılacağı üzere, Kur'an'ın i'câzî yönünün anlaşılması yolundaki çabalara büyük katkısı bulunan bu eser, Mushaf Tarihi, Tefsir Usûlü ve Tarihi, Kur'an'ın İcâzı ve Belâğatı, Kur'an'ın Muhtevası, Kur'an'da Had ve Cezalar, Kur'an'da Fıkhî ve Mâli Muâmeleler, Kur'an'da Aile, Kur'anda Uluslararası İlişkiler, Kur'an'da Kâinat ve İnsan, Kur'an'da İnsan Psikolojisi ve Hz. Yusuf Kıssası, Kur'an'ın Tercümesi, Kur'anı Teğannî ile okumak gibi birçok konuyu ele alan hacimli bir kitaptır.