Fuat Sezgin yaptığı bilimsel çalışmalarla hem oryantalistlere cevap vermiş hem de iyi olan ne varsa sadece Batı'ya aittir düşüncesine sahip olan Müslüman milletlere özgüven aşılamıştır. Ona göre bugünkü Avrupa medeniyeti İslâm bilimlerinin bir başka coğrafyada değişik tarihi şartlar içerisinde ortaya çıkmış İslâm medeniyetinin bir devamıdır. Sezgin oryantalist literatürün etkisinde şekillenen kültür ve bilgi emperyalizmine karşı daha özgün ve daha özgür bir duruşun temsilcisi olmuştur.

Sezgin tüm çalışmalarının temel gayesini şöyle özetlemiştir: "Benim mensubu olduğum bir ilim kültür ve medeniyet dünyası var. Bizler köksüz ve sahipsiz değiliz. Çok derinlere inen sağlam bir medeniyete beşiklik etmişiz. Fakat yüzyıllardır bu medeniyetin görmezden gelindiğini hakkının yenildiğini tahkir edilip bütün yaptıklarının da elinden alındığını ve ona zulmedildiğini gördüm. İslâm medeniyetinin bu göz kamaştıran birikimini ve dünya bilimine yaptığı büyük katkıları bunun farkında olmayan dünyaya tanıtmayı gaye ittihaz ettim. Bu gayretimin bir kısmı sadece bilim dünyasına hizmet ama diğer çok mühim bir gayesi ise koskoca bir İslâm âleminin yitirmiş olduğu kendine hürmeti güveni ve insanlık tarihindeki yerini hatırlatarak kaybettiklerini iade etmek içindir."