Büyük Hesaplaşma; dayanılmaz acıların büyük ihanetlerin yaşandığı bir dönemde vatan hainliği ile suçlanan ve haksız yere hapse atılan bir avuç askerin vatanı kurtarma mücadelesini devlet düşmanlarıyla hesaplaşmasını anlatıyor.
Deniz Lisesi'nde okudukları günlerden beri yedikleri içtikleri ayrı gitmeyen birbirine kardeşçe bağlı üç arkadaşın yaşadıkları olaylar çerçevesinde anlatılan bu hesaplaşma; İstanbul'dan başlayıp Doğu Akdeniz'de Suriye Kıbrıs Adası ve İsrail'e uzanıyor.
Kitap bu açıdan son dönemde gündemde olan Mavi Vatan tartışmalarına da bir bakış açısı getiriyor.